Evrim Olgusu'na yazarlar aranıyor

Sevgili Okurlar

1 Ocak 2009'da Evrim Olgusu blogunu başlatmıştım. Mart ayına kadar evrimle ilgili yabancı kaynaklarda yayınlanan ilginç yazıların çevirimini sürdürdüm. Amacım Türk medyasında gerici sansürden kaynaklanan boşlukları doldurarak halkımızı doğru bilgiyle aydınlatmak idi. Mart ayında bloga yazı yazmayı bıraktım (türlü nedenlerle).

Sevinerek farkına vardım ki şu anda Evrim Olgusu'nun Google rank'i 4/10'a ulaşmış durumda. Dolayısıyla bu blogun popülerliğini arttırma ve halkımızın evrimle ilgili bilincinin oluşmasına ciddi bir biçimde katkıda bulunma fırsatı ortaya çıktı.

İlgilenen arkadaşlara blogumda yazı yazma hakkı vermeyi düşünüyorum.

Şartlarım,

• Evrim kuramını doğrulayan yabancı kaynaklı olgusal ilginç makaleler ağırlıkta olmalı. Blogun genel teması budur.
• Alıntıların kaynağının gösterilmesi zorunludur.
• Din konusuna bulaşmayalım. Amacım insanımızı nesnel analize alıştırmak ve düşünmeye yöneltmek.
• Blogun admini olmayı sürdüreceğim. Moderatör hakkım saklıdır.

İlgilenen arkadaşlar bu iletiyi yanıtlarsa sevinirim.

Kişisel detayları içermeyen çok kısa bir özgeçmişle birlikte neden Evrim Olgusuna yazar olmak istediğinizi belirtirseniz bonus olur.

En yakın akrabamız

İnsanların, 22 çift otozom kromozomu, ve X ve Y eşey kromozomları olmak üzere toplam 23 çift kromozomu vardır. 1955 yılına kadar en yakın hayvan akrabamız olan şempanzeler ve diğer insansı primatlar gibi 24 çift kromozoma sahip olduğumuz düşünülüyordu.

Bu tez, Albert Levan ve Joe-Hin Tijo'nun kullandığı yeni mikroskobik tekniklerle geçerliliğini yitirdi.

H-İnsan, C-Şempanze kromozomlarının yan yana kıyaslaması

İnsanın 2 numaralı kromozomunun yakından incelenmesi, şempanzelerde hala var olan iki adet daha küçük kromozomun birleşmesiyle oluştuğunu gösterdi. Bu birleşme bizleri insan yapan evrimsel olaylardan biridir. Aynı zamanda, insan ve şempanze genomunun %96'lık bir benzerlik göstermesi ortak bir atadan 6 milyon yıl kadar önce ayrılıp türediklerinin ve yakın akraba olduklarının da bir göstergesidir.

Erkeklik öldü mü?

Hücrelerimizin her birinin birer çekirdeği ve 22 otozom (autosome) kromozom çifti vardır. Otozom kromozomların eşeysel seçilimde rolleri yoktur. Bu yazıyı okuyan siz okuyucuların çoğunda iki tane eşey kromozom bulunur. Dişilerin iki X kromozomu vardır. Bu X kromozomları yaklaşık 155 milyon nükleotit uzunluğundaki iki büyük DNA molekülünden oluşur. Erkekler farklıdır, bir tane X kromozomları ve daha küçük bir Y kromozomları vardır. Y kromozomunun uzunluğu yalnızca 50 milyon nükleotit kadardır. X kromozomunda binin üzerinde gen vardır, buna karşın Y kromozomu gen açısından fakirdir (27). Y, X'e göre oldukça küçük (beşte bir büyüklüğünde) olmasına karşın, erkek eşeyinin saptanmasında ve gelişiminde önemli rolü vardır. Buna karşın erkeklerin çoğu Y kromozomunun yavaş yavaş bozulduğunu bilmezler.

İnsan genomundaki X ve Y kromozomları

Memelilerin Y kromozomu, kökeninde, kromozomların yaşam tarzı açısından son derece normaldi. Hatta 100 milyon yıl kadar önce memelilerin ortak atasında Y kromozomu, bugünkü X kromozomuna büyük bir olasılıkla çok benziyordu. Ama birden ters bir şey oldu. Bu belki de Y kromozomunda bulunan bir genin düzenlenmesindeki bir değişiklik ya da mutasyondu. Bu mutasyonun memelilerde eşeysel seçilimin denetimini değiştiren bir etkisi oldu. Her ne olduysa, erkek ve dişi arasındaki cenin gelişim farkının saptanmasında rol oynayan anahtarlarda değişiklikler oldu. Bundan dolayı Y kromozomu diğer kromozomlarla iletişim kurma yetisini kaybetmeye başladı. Bir başka deyişle, Y kromozomu genomdaki diğer kromozomlarla çift oluşturma ya da karışma yetisini kaybetti. "Yeniden karışım" yetisinin kaybı, bu kromozomun, genlerindeki zararlı mutasyonları dengeleme yetisini ortadan kaldırdı. Zira "yeniden karışım", bir organizmanın seçilim değerine zararlı etkileri olan mutasyonları, kromozomların karşılıklı olarak düzeltmelerinin etkili bir yöntemidir.

Karışma azaldıkça, Y kromozomundaki genler ya genomda kayboldular ya da diğer kromozomlara geçtiler. Böylece bir zamanlar binlerce genden oluşan Y kromozomundaki gen sayısı, insanlarda yalnızca 27 gene düştü. Diğer memelilerin Y kromozomlarındaki gen sayısına bakarak, bu kromozomumuzdaki gerilemeyi kolayca görebiliriz.

Zaman geçtikçe bütün bunlar Y kromozomu için kötü bir haber oluşturuyor, çünkü eğer kayıp bu şekilde devam ederse, sonunda Y kromozomu insan genomunda ortadan kalkacak. İnsan genetiğinin gurularından Oxford Üniversitesinden Brian Skyes, şu anki doğum oranlarına bakarak, Y kromozomundaki bu gerilemeyle ilgili olarak, 5.000 nesilde ya da yaklaşık 125.000 yılda %99 azalma olacağını öngörüyor. Skyes insan genomunun, erkekliği ya da dişiliği saptama donanımının değişeceğini öngördü. Öyle ki, ya erkek eşeyinin saptanması başka bir kromozomda olacak, ya da erkekler için en kötü olasılık, erkekliğin saptanışının insan genomunda tamamen kaybolmasıyla erkek eşeyi insanlarda tükenecek. Bu tuhaf senaryoda insanlar eşeysel olarak üreyemeyecekler, zira yalnızca dişi eşey var olacak.

Her şeye karşın, şu anda Y kromozomuna sahibiz, ve bu kromozom Dünya üzerinde popülasyonlar arasındaki dağılımı anlamamız açısından güçlü bir gereç oluşturuyor.

Kaynak
Human Origins, De Salle & Tattersal, Texas A&M University Press
Hall of Human Origins, American Museum of National History

Evrim terminolojisi ile ilgili gözlemler

Evrim terminolojisinin kilit deyimleri

Türkçe'nin kelime haznesinin ve ifade gücünün İngilizce'ye göre, özellikle bilimsel ve teknik konularda daha zayıf olması hepimizin malumu. Konumuzla ilgili temel sorunlardan biri de 'değişim' kavramı ile ilgili. Evrimsel terminolojide sık sık geçen aşağıdaki deyimlere bir göz atalım:

Change: En genel tanımıyla değişim ya da herhangi bir değişiklik. İçeriğe göre anlamı değişiyor, ama çoğunlukla anlık, kendiliginden ve/veya niceliksel deşiğiklikleri vugulamak için kullanılıyor. Change in eye color, changes in genetic sequence, genetic change, change in allele frequencies etc.

Variation: Çeşitlilik, varyasyon. Çoğunlukla türlerin özelliklerinde popülasyonun bireyleri arasında gözlenen değişiklikleri ifade etmek için kullanılıyor. Türler arasındaki çeşitliliği vurgulamak için de kullanıldığı oluyor. Sık yapılan yanlışlardan biri de 'çeşitliliğin' 'değişim' ya da 'değişiklikler' diye çevrilmesidir.

Mutation: Mutasyon. Gen dizilerinde rastlanan rastgele ve kendiliginden bazal değişimlerin genetik donanımı değiştirmesi. Sık yapılan yanlışlardan biri de 'mutasyon'un 'değişim' diye çevrilmesidir.

Evolve: Evrilmek. Evrim süreci kapsamında birikimsel (cumulative) ve uyarlanımlı (adaptive) evrimsel değişimlere uğramak. Değişimin uyarlanımlı olması çok önemli, zira uyarlanım (adaptation) olmadan evrim olmuyor.

Adaptation (Wikipedia'dan): Uyarlanım. Bir canlının çevresine daha iyi uyum sağladığı doğal seçilimle gerçekleşen süreç.

Natural Selection (Evrimi Anlamak sitesinden): Değal seçilim. Bir popülasyondaki farklı genotiplerin, o popülasyonun gen sıklıklarında değişikliklere sebep olacak biçimde farklılıklar göstererek hayatta kalması ya da üremesi. Sık yapılan yanlışlardan biri de 'doğal seçilim'in 'doğal seçim' diye çevrilmesidir.

Evrim'in tanımına gelince, evrim bir olgu olarak ele alınabilir, bir kuram olarak alınabilir, ya da bir süreç olarak ele alınabilir. Bilim felsefesinde evrimin bir olgu mu yoksa bir kuram mı olduğu tartışmaları sık sık yapılır. Ama bilimsel içerikte evrim kısaca canlılardaki değişerek türeme 'sürecini' anlamlandırır. Zira bilimsel içerikte evrimin bir 'süreç' (process) olma özelliği onun en belirgin ve önemli özelliğidir.

Dilerseniz gelin Evrimi Anlamak sitesindeki tanıma bir göz atalım:

Evolution (Evrimi Anlamak sitesinden): Evrim. Biyolojik evrimin en basit tanımı, değişerek türemedir. Bu tanım hem küçük ölçekte evrimi (yani bir popülasyonun içinde gen sıklıklarının (*) nesilden nesile değişmesini) hem de büyük ölçekte evrimi (yani aradan bir çok nesilin geçmesiyle ortak bir atadan farklı türlerin türemesini) kapsar.

(*) not: Aslında 'gen sıklığı' yerine 'alel sıklığı' tanımını kullanmak daha doğru, ama bununla ilgili semantik bazı sorunlar var, ileride bu konuya tekrar değineceğim.

Allele (Evrimi Anlamak sitesinden): Alel. Bir lokustaki genin değişik versiyonlarından birisi. Bir popülasyondaki farklı bireyler aynı lokusta farklı allelere sahip olabilirler. Örneğin, bezelyenin rengini belirleyen lokusta sarı rengi veren alel ya da yeşil rengi veren alel bulunabilir. Aynı lokustaki farklı aleller sıklıkla büyük ve küçük harflerle birbirinden ayrılır (örneğin Y ve y alelleri gibi).

Gen Sıklığı deyimi ile ilgili semantik sorunlar

Önce dilerseniz Modern Sentez'in evrim tanımına bir göz atalım:

"Evrim nesiller arasında popülasyonun alel frekanslarındaki değişimdir."

veya

"Evrim, nesilden nesile popülasyonun gen havuzundaki alel frekanslarının değişmesidir."

Bu bilimsel literatürde ve sözlüklerde geçen yaygın bir tanımdır. Tabii ki % 100 doğrudur, ama sıradan bir okuyucu için biraz fazla teknik ve anlaşılması zor bir tanım gibi geliyor bana.

İlginç bir nokta da, Evrimi Anlamak sitesi Kaliforniya Üniversitesinin hazırladığı bir ana metnin çevirisi aslında, yani geniş kitlelere erişim amaçlı. Dikkatimi çekti, belki de çok teknik kaçmamak için 'alel frekansı' yerine 'gen sıklıklarındaki' değişimlerden söz ediyorlar. Alel frekansı 'modern sentezin' kuvvetle üzerinde durduğu ve teknik olarak daha doğru bir deyim, ama modern sentez konunun bir üst aşaması, yani alel kavramı belki de ileri (advanced) bir aşamada devreye sokulabilir diye düşünmüş olabilirler.

Mart ayı etkinlikleri

Sevgili okurlar

Şu ana kadar bloguma gösterdiğiniz ilgi için gerçekten çok teşekkür ederim.

Mart ayı boyunca "Evrimi Anlamak" sitesinde çalışan dostlara yardımcı olacağımdan Evrim Olgusu'ndaki iletilerimin sıklığında bır azalma olabilir, anlayışla karşılayacağınızı umuyorum.

"Evrimi Anlamak" gerçekten çok önemli bir çalışma. Sokaktaki insanın evrim konusunda kafasında oluşabilecek soru işaretlerini yanıtlamaya yönelik, olgusal, nesnel ve bilimsel bir aktarım.

Bu özenli çalışmayı lütfen takip ediniz, eşinizi dostunuzu haberdar ediniz. Evrim kuramını, bilimin ışığını yaymamıza yardım ediniz..

Sağlıcakla kalın ve bir yere gitmeyin sakın, evrim konusundaki güncel gelişmelerle ilgili ilginç iletilerim devam edecek.

Sevgiler ve Saygılar

Aragon Toscana
Evrim Olgusu

Doğal seçilim ne denli yaygındır?

Biyologların doğal seçilimle ilgili sorabileceği en basit sorulardan biri de, ilgiçtir, yanıt verilmesi en güç olanlardan biridir. Doğal seçilim, bir popülasyonun genel genetik oluşumunun değişiminden ne derecede sorumludur? Doğal seçilimin canlıların fiziksel özelliklerinin çoğunu oluşturduğundan kimsenin ciddi bir kuşkusu yoktur - gaga, biseps, beyin gibi büyük ölçekteki özelliklerin oluşumunun başka mantıklı bir açıklaması yoktur. Ancak, doğal seçilimin, değişimin moleküler düzeyde yönlendirilmesi üzerindeki rolünün etkinlik derecesi üzerinde ciddi şüpheler duyulmuştur. Acaba DNA'da milyonlarca yıl boyunca gerçekleşen evrimsel değişimin -başka bir sürece göre- ne kadarı doğal seçilim tarafından yönlendirilmiştir?

1960'lara gelene değin, biyologların bu soruya verdiği yanıt, "hemen hepsi" olmuştur, ancak Japon araştırmacı Motoo Kimura, tarafından yönetilen bir grup popülasyon genetikçisi, bu görüşe keskin bir biçimde meydan okumuştur. Kimura -çevre koşullarının başlangıçta az rastlanan bir özelliğin frekansını arttırdığı "olumlu" doğal seçimin- çoğunlukla moleküler evrime etki etmediğini ileri sürdü. Buna karşın Kimura; popülasyonlarda kalıcı olan ya da yüksek frekanslara ulaşan genetik mutasyonların hemen hepsinin seçilim açısından "yansız" olduğunu, yani şu ya da bu şekilde seçilim değeri üzerinde kayda değer etkileri olmadığını söyledi (Doğal olarak, zararlı mutasyonlar yüksek bir oranda oluşmaya devam ederler, ancak popülasyon içinde yüksek frekanslara ulaşamadıkları için, evrimsel açıdan çıkmaz sondurlar.) Şu anki çevre koşullarında yansız mutasyonlar esas olarak görünmez olduklarından, böylesi değişiklikler, genetik derlemeyi zamanla büyük oranda değiştirirken, popülasyon içinde sessiz bir biçimde farkedilmeden evrilirler.

1980'lere gelindiğinde bir çok evrimsel genetikçi "yansız mutasyon" kuramını kabul etmişti. Ancak bu kuram üzerindeki veriler çoğunlukla dolaylıydı; daha doğrudan yapılan kritik testlerden yoksundu. İki ayrı gelişme bu sorunun çözümüne yardım etti. Birincisi, popülasyon genetikçileri, genomdaki yansız değişiklikleri, uyumlu olanlardan ayırt etmeye yarayan basit istatistiksel testler geliştirdiler. İkincisi, yeni teknoloji, bir çok türün genomunun tamamının sıralanmasını olanaklı kıldı, böylelikle bu istatistiksel testlerin uygulanabileceği yüksek miktarda veri edinilmiş oldu. Yeni veriler "yansız mutasyon" kuramının, doğal seçilimin önemini yabana attığını gösterdi.

Drosophila melanogaster

Kaliforniya Üniversitesi, Davis'den David J. Begun ve Charles H. Langley'in liderliğindeki bir ekip tarafından yapılan bir araştırmaya göre, Drosophila sınıfına ait iki meyve sineği türünün DNA dizileri karşılaştırıldı. Bilim insanları her iki türde yaklaşık 6.000 geni incelediler, ve iki tür ortak bir atadan ıraksadığından beri, hangi genlerin ayrıldığını saptadılar. İstatistiksel bir test uygulayarak, 6.000 genin en az %19'unda yansız evrimin olmadığını ortaya koydular; bir başka deyişle, doğal seçilim, incelenen genlerin beşte birinin evrimsel ıraksamasını yönlendirmişti (uyguladıkları istatistiksel test "ölçülü" (conservative) olduğundan, asıl oran daha yüksek olabilir.) Bu sonuç yansız evrimin önemsiz olduğunu önermiyor -yani genlerin geri kalan %81'i genetik sürüklenmeyle ıraksamış olabilir. Ama doğal seçilimin, çoğu "yansız mutasyon" kuramcısının sanısının aksine, türlerin ıraksamasında daha büyük bir rolü olduğunu kanıtlıyor.

Kaynaklar
Scientific American: http://www.sciam.com/article.cfm?id=testing-natural-selection
Drosophila Population Genomics Project

DNA'mızın %98'i ne işe yarar?

Yeni bir araştırmayla Batı Avustralya Tıp Araştırma Enstitüsünden (WAIMR) genç bir araştırmacı, insan genomunun karmaşık yapısına açıklık getirdi.

12 Şubat 2009'da "Molecular Cell" sitesinde çevrimiçi yayınlanan bu yeni araştırma, insan genomunun sıralamasının üzerini örten bir gizem perdesini araladı -- DNA'mızın %98'inin amacı nedir?

ABD'deki iki araştırma ekibiyle yapılan bir işbirliği kapsamında, WAIMR'dan Dr Archa Fox -- bilinmeyen bir nedenden ötürü gemomun çoğunda bulunan ve-- kodlama yapmayan RNA'nın özgün bir işlevini belirledi.

Fox, "Kodlama-yapmayan bir RNA olan 'Neat1'in, her hücrede yer alan ve önemli bir depo görevi gören çokbeneklerin (paraspeckles) yapısal temeli olduğunu keşfettik." dedi.



"İnsan genomunun haritası çıkarıldığında, yalnızca %2'sinin, 25.000 adet protein kodlayıcı genden oluştuğunun anlaşılması büyük bir sürpriz olmuştu. Ancak bu %2'lik kesim tek başına biz insanların karmaşık yapısını açıklayamıyordu, eğer protein yapmıyorsa kalan %98'lik kesim ne işe yarıyordu? Araştırmamızda, kodlama yapmayan bir RNA olan 'Neat1'in amacına odaklandık, ve bu RNA'nın rolünün çokbeneklerin yapısını yaratmak olduğunu bulduk."

2002'de Dr Fox hücrenin çekirdeğinde bulunan ve bir depoyu andıran bir işlevi olan "çokbenekleri" bulan ilk bilim-insanıydı, çokbenekler önemli proteinler için yapı malzemelerini depoluyor, böylelikle hücreler bir sipariş verdiğinde, malzemeleri daha verimli bir biçimde salgılıyor, ve proteinlerin daha hızlı üretilmesini sağlıyordu.

Çokbenekler, hücreler için hangi proteinlerin yapılacağını daha özenli denetlemeye yarayan, ve hücreler bir proteine gereksinim duyduğunda, işlemin gerçekleşmesinde hücrelere 25 dakika kazandıran bir yöntem sağlıyordu. Bir analoji yapmak gerekirse çokbenekler, bilgisayarın merkezi bilgi işlem biriminin önbelleğine (CPU cache) benzetilebilir. Demek ki kodlamada kullanılmayan RNA adeta bir önbellek yaratıcı gibi çalışıyordu.

Genlerin aksine kodlama yapmayan RNA, protein üretimine yardım etmeyen moleküllerdir. Bu yeni araştırma sayesinde, kodlama yapmayan RNA'nın, tıpkı proteinler gibi, hücrenin önemli kısımlarını oluşturmaya yardım eden yapıcı bir kısmı gibi davranabildiğini öğrenmiş bulunuyoruz.

Kaynaklar
Machines Like Us: http://machineslikeus.com/news/what-purpose-98-cent-our-dna
Molecular Cell: http://www.cell.com/molecular-cell/abstract/S1097-2765(09)00070-7